Разницы особо никакой. С названием сайта определились? Тогда лучше зарегистрировать такой домен, что бы было свободно название вашего сайта, например нам нужен домен с ключевой фразой webo4ka, но webo4ka.ru webo4ka.com заняты, а на org свободен, думаю ясно что следует выбрать))
Стрелок, смотря какая тематика. Надо смотреть на какую аудиторию рассчитывается сайт - если только для России, бери Ru, если для Украины, то, соответственно, Ua. Если это информационный портал узкой тематики, то Info. Ну и дальше по аналогии. Com - Коммерция, по назначению уже особенно не используется, но это один из самых распространенных доменов. Однако, зная тебя, лучше используй стандартный юкозовский домен для своего ГС и потрать деньги на премиум-пакет. А еще лучше, забудь об сайтостроении.